在錦衣衛的嚴刑拷打之下，早就掌握了一大批的所謂證據與材料，殺戮是從胡惟庸開始，卻沒有自胡惟庸結束，在朱元璋的名冊上寫滿了密密麻麻的名字：吉安侯陸仲亨，平涼侯費聚，李善長的弟弟李存義，延安侯唐勝宗，南雄侯趙庸，滎陽侯鄭遇春，宜春侯黃彬，河南侯陸聚，宣德侯金朝興，靖宇侯葉碖，都督毛騏、李伯碖、丁玉，衛國公鄧愚之子鄧鎮，宋濂之子宋慎，甚至還有大明除了皇帝威望最高的韓國公李善長。
這樣的大手筆確實超乎想象，而徹查當朝謀逆造反這么大的事件，小小的錦衣衛怎么可以完成呢？
而且還有一個更重要的問題，就是為什么皇帝此次在朝堂大變動之前，為什么首先將矛頭對準了在西北的秦王朱樉，而不是更有爭議的燕王朱棣呢？
姚廣孝指出了一個很重要的問題，那也是他很久以前就看不透的問題，那就是皇帝對于燕王朱棣的偏愛。
洪武十三年三月十一日，燕王朱棣帶領兩護衛將士五千七百七十人，離開南京前往他的封地北平。這年朱棣整整二十一歲。
這年正月，發生了一件舉國震動的大事。左丞相胡惟庸被誅殺，罪名是“私構群小，夤緣為奸，或枉法以惠民，或撓政以誣賢” ，如果像詔書中所說是中書省“任非其人”，那么再選擇一個稱職的人接替胡惟庸便可以了。
結果并不如此，朱元璋就此廢除了中書省，并將大都督府改為五軍都督府。顯然這是謀劃已久的一次鏟除權臣、集權于皇帝的措施。朱元璋所宣布的胡惟庸的罪名，不過是采取這一行動的借口。朱元璋鏟除權臣和分封親王都是為了同一個目的，即維持朱姓皇室的獨尊地位。隨著親王的成長和逐漸就藩，皇帝越來越覺得可以無溜顧忌地對威脅皇帝的權臣采取措施。反過來，胡惟庸這樣的治國能臣被誅殺后，各位藩王身上的擔子便更為沉重了。
朱棣背負著“慎固邊防、羽翼皇室”的重任，來到北方重鎮北平。這里曾經是蒙元王朝的首都，被稱為大都。
蒙古騎兵的鐵蹄一度無敵于天下，所到之處莫不降服，成吉思汗、忽必烈和他的子孫們就從這里出發，統治著廣袤的疆土。蒙古人、漢人、色目人匯集在這里，東方人、西方人匯集在這里，不同的膚色、不同的語言、不同的服裝、不同的風俗，這里曾是一個真正的世界性的城市。如今那鮮衣怒馬的蒙古人哪里去了？那黃發碧睛的色目人哪里去了？連勾欄瓦舍中的百戲雜劇也失去了原來的喧闐紅火 。只有那冷落的皇城宮殿依然顯示出昂處挺身的雄姿，那太液池邊的春柳依然嬌媚地拂撫著水面。十三年過去了，這蜿蜒的紅墻里終于迎來了它新的主人。
這里雖然已不是華夏這片土地的統治中心了，但軍事、政治上仍然占有重要地位。蒙古人要東山再起，這里是首先要覬覦的目標。蒙元近百年來的統治在這里還留有很深的影響，懷戀故國的勢力盤根錯節，表面上俯首屏息，而暗中仍心懷不滿。不是洪武初年在西直門甕城門洞的墻壁上還有人在表達他故國之思嗎？朱元璋改“大都”為“北平”，就是鎮壓這里的“王氣”。
早在元順帝放棄大都，北退塞外時，就派駐守在太原的擴廓帖木兒率軍北上，經保安反攻大都，結果明大將軍徐達乘虛攻克太原，又擊破擴廓回援之軍。
洪武二年二月，元丞相也速率軍攻通州，扎營白河，再窺大都，為明守軍擊潰。六月也速乘明師進攻陜西之際，再攻通州，被常遇春回師擊敗。明師乘機進攻開平，元順帝再北走，明軍大勝，生擒其親王慶生、平章鼎住，得將士萬人、車萬輛、馬三萬匹、牛五萬頭，薊北悉平。
明軍挺進西北，偏將軍李文忠率軍行抵太原，正值元將脫列伯、孔興奉元順帝之命進攻大同，情勢甚急。李文忠引軍北上救援大同，大敗元軍。脫列被俘，其眾萬余人投降，孔興遁走陜西，被部將所殺。這是元朝妄圖恢復的最早兩次企圖，雖然都被明軍擊敗，但元軍所擁有的實力并未被消滅。
明軍于洪武二年八月攻克慶陽，十二月擴廓帖木兒乘徐達還師，自甘肅襲擊蘭州 ，明軍苦戰，雖免于陷落，但西北已呈危急之勢。同時，北方邊塞要地朔州、武州、云州地區、野狐嶺、大興等仍為元軍所盤踞。在這種形勢下，朱元璋派明軍進行了一次又一次的北征：
洪武三年，以徐達為征虜大將軍，李文忠、馮勝、鄧愈、湯和等為副將軍分道北征。徐達敗擴廓帖木兒，擒無郯王、濟王及國公平章以下文武所屬一千八百六十五人，將校士卒八萬四十五百余人，獲馬一萬五千二百八十余匹，擴廓攜其妻子從者數個北遁奔和林，李文忠乘元順帝之喪，攻克應昌，俘獲元宗室嫡子買的里八臘及后妃、宮人、諸王、將相等數百人，元嗣君愛猷識理達臘率數十騎遁去。李文忠回師途中又俘獲元國公汪文清等，降其兵民五萬余人，這次北征使元朝近塞勢力遭到沉重打擊。
一年多以后，元朝勢力在近塞再趨活躍。明軍在平定四川之后，于洪武五年，派徐達、李文忠、馮勝率師十五萬，分三路再次北伐。這次北征，明軍受挫，出師不利。中路徐達軍為元所敗，死者數萬人，東路軍李文忠殺傷相當，不得已旋師，僅西路馮勝略獲小勝。
此后七年中，朱元璋斂兵自守，不再輕易北征，而元朝勢力卻屢有南侵，元主愛猷識理達臘任國政以擴廓帖木兒，圖謀恢復，數為邊患。洪武六年寇武、朔州及寧夏河州等地。七年寇白登、蘭州；八年寇蘭東；九年以后，連年騷擾陜北，又西連吐番為邊地之患。
洪武十一年，愛猷識理達臘死，其子買的里八剌繼位，為患仍然不已。面對這種局勢，明朝加緊練兵，嚴守邊關，始北元降人以官爵衛士賞賜，加以攏絡。這時明與北元之間差不多是相持的態勢，北元雖南下為患，但無法造成對明的重大威脅，明師雖偶有出擊，但也難于給北元造成致命的打擊。
這就是朱棣就國時的北方邊境的形勢。
大概是朱元璋認為朱棣不夠成熟吧，并沒有讓他立刻參加直接的軍事行動。就在他就藩的這一年和乃兒不花入寇永平，朱元璋再命徐達及左右副將湯和、傅友德北征，同時命沐英出古北口以為應援。明軍出塞，襲灰山，明軍再北上，元軍北遁，傅友德追擊，俘獲平章別里不花、太史文通等，沐英出古北口，略公主山長塞，盡獲全寧四部而還 。從這以后，明軍每年春出冬歸，對北元采取了以攻為守的策略。
其后，洪武二十年正月，朱元璋命宋國公馮勝為大將軍，潁國公傅友德、永昌侯藍玉為左右副將軍率師二十萬征北元納哈出。納哈出據有遼河流域，擁有部眾十余萬，是北元最后的重要軍事力量之一。在明軍的強大壓力下，納哈出被迫投降。北元失去了遼東，與朝鮮的聯系也被割斷，力量更加衰弱。
洪武二十一年，朱元璋以永昌侯藍玉為大將軍，延平侯唐勝宗、武定侯郭英為左右副將軍，率兵十五萬“肅清沙漠”。明軍至捕魚兒海，襲買的里八剌大營，殺其太尉蠻子，降其眾，買的里八剌等僅以數十騎遁走。明軍獲其大臣以及宗室六十四人，內臣以及嬪妃等五十九人，吳王朵兒只等兩千九百九十四人。車士男女七萬七千三十七口，得寶璽圖書金印及駝馬牛羊車輛無數。明軍大勝而還。
燕王朱棣正式登上軍事舞臺一顯身手，是在去年。朱元璋為肅清沙漠，準備再次進行北征。為此他做了充分的準備。
洪武二十二年九月二十六，他命令河南都指揮使司和直隸各衛所加緊訓練軍士，以待征討之令，并賞給每個軍士鈔三錠 。十二月初十，又命令定遠侯王弼往山西、雄武侯周武往河南、全寧侯孫恪往陜西，分別訓練兵馬，隨時聽征漠北；遣使命遼東都指揮使胡旻、朱勝訓練精銳馬步官軍各一萬人隨時聽候調遣。二十二日，他又派儀禮司丞古里哥、舍人火兒忽答孫等到塞外尋訪他要打擊的主要對象——故元丞相咬住、太尉乃兒不花等人的蹤跡。為了保證遠征有充足的馬匹，在二十三年正月又下令制作一批文綺衣衾往漠北交換馬匹。
在一切準備就緒后，朱元璋就下達了北征的命令。
這次北征的統帥是燕王朱棣和晉王朱棡。他們分別統帥北平和山西的兵馬。潁國公傅友德被任命為征虜前將軍，南雄侯趙庸被任命為左副將軍，懷遠侯曹興被任命為右副將軍，定遠侯王弼為左參將，全寧侯孫恪為右參將，諸將軍除王弼已在山西，聽晉王節制外，其余均處北平訓練軍馬聽燕王節制 。接著朱元璋又命令長興侯耿炳文往陜西訓練軍馬 ，并派使敕令孫恪率耿炳文所操練的兵馬隨傅友德北征 ，又遣使命齊王朱榑率領山東都司兗州護衛及徐邳二衛精銳馬步軍士隨征，也聽燕王節制 。在晉王麾下，又令河南都指揮使司、中都留守司選拔軍士六千二百人，馬四千四百七十匹從雄武侯周武北征前往山西。
這個時候，地處北方重鎮的親王惟秦、晉、燕三王年齡最長，從這北征的部署看，燕王無疑處于最重要的地位。不僅燕王所節制的兵馬眾多，而且從敵對雙方的地理位置上看，燕王也是首當其沖的。晉王處于側面，而年最長的秦王竟然無預其事。那么可以看出朱元璋對朱棣充分信任和倚重，和對秦王朱樉事先留下的后手。
在出師以前，朱元璋還是放心不下，他派人給晉燕二王一道敕諭，向他們介紹講述從降敵口中得到的情況。敕文中說：
詢及來胡，言殘胡甚少，騎者才五千人，共家屬一萬口，馬稱之，有急則七人皆一騎。趁水草長行，大軍負載且重，追襲甚勞。今降將嘗與彼共仕大官，已使在彼。而晃忽兒又能辭說，由是其眾二心，欲南向者眾，北向者少。且將糧餉運至上都，及口溫，集于各程，然后再候人來，知其所在一舉而中矣?！?/p>
朱元璋不僅從降人口中了解了敵人的情況，而且又將降人派回作為說客，以瓦解敵心。最后還為燕王作了先運送軍糧，等得到情報后再行出師的部署，可謂慎之又慎了。
三月初二日，燕王朱棣率領大軍從北平出發，征虜前將軍潁國公傅友德、左副將軍南雄侯趙庸、右副將軍懷遠侯曹興各率自己的部屬從征。大軍迤邐向北進發，矛戈如林、旌旗蔽日，在干燥的黃土路上揚起滾滾塵埃。越往北地勢越高，而且漸入叢山。
大軍經順義、密云出古北口，直指塞外。古北口在北平正北偏東，是通往塞外的重要關口、歷來的用兵之地。遼太祖奪取山南，先下古北口；金滅遼，奪取燕京，也在古北口發生激戰。元泰定帝死后，大臣燕帖木兒擁主元文宗，撒敦與上都兵的爭戰同樣都從古北口出入 。它地處居庸關、山海關之間，與喜峰口并峙，儼然一雄關要隘。
古北口在密云縣境內，其城在山上，周四里三百一十步，三門，城北門外有北宋著名將領楊業祠。洪武十一年在這里設立了守御千戶所，駐扎了軍隊。朱棣率大軍穿行在古北口的萬山叢中，朔風煦日，古道雄關，怎能不激起他的英雄情懷。多少忠臣烈士曾在這里拋灑熱血，多少英雄驍將曾在這里抖擻雄姿。而今，這位年輕的親王也從這條道路踏上了他威武雄壯的征程。
燕王從一開始便顯示出他的軍事才能。他分析了敵我雙方的情況，決定先派兵偵察敵軍動靜，他對諸將說：?吾與諸將軍受命提兵沙漠，掃清胡虜。
今虜無城廓居止，其地空曠，千里行師必有耳目，不得其所，難以成功。”諸將自然贊同他的意見。明軍派出的騎哨很快便弄清了敵情，他們報告說乃兒不花等正在迤都(后改禽胡山)安營扎寨。朱棣命大軍向迤都進發。出塞之后，雖地勢漸高但漸漸平曠，青天大漠，更顯得蒼涼悲壯。壩上的天氣從來難測，行軍中，突然彤云密布，轉眼間漫天大雪紛紛揚揚地下了起來，正是胡天三日仍飛雪了。雪越下越大，將領們想要停止前進。燕王卻認為大雪天正是進軍的好機會。他說：“天大雪，虜不虞我至，宜乘雪速進?！庇帽鵁o常，唯?奇可以制勝。燕王的決定表明他是深諳此道的。果然，明軍到達迤都，與敵營只有一磧之隔，敵人竟然未覺察明軍已迫在身邊。
燕王部下有位指揮名叫觀童，是歸降的敵人將領，與乃兒不花有舊交。燕王企圖利用這一關系，便派觀童前往敵營。乃兒不花一見是舊友觀童，也沒問他為什么會到這里來便相抱而哭，國亡主奔，流離沙漠，滄海桑田，風霜雨雪，說不盡的苦辣辛酸。
倉猝之間明軍已經包圍了乃兒不花的營帳，慌忙之間，乃兒不花與眾將打算上馬出逃，觀童溫詞勸阻，對他說，這次出征是燕王帥師，不必這樣驚恐。乃兒不花也早就聽說過燕王鎮守北平，驍勇過人，而且喜歡延攬豪杰之士，又聽老友觀童相勸，想必不錯。
事已至此，無可奈何，只好跟隨觀童去見燕王。燕王見觀童引來乃兒不花，自然十分高興，不免演出了一幕“降階相迎”、設宴款待的老戲。醉飽之后，乃兒不花的精神防線已盡行瓦解了。乃兒不花的部下聽說主將受到燕王的優待，大喜過望，也都不再想走了。燕王又對乃兒不花慰諭了一番，便派人送他還營，還沒走到營帳，又被燕王召回，再行勸慰，如此往返三次，不僅乃兒不花的敵意已經完全消失，甚至已經有些不耐煩了，迫不及待地要向燕王表示歸降的誠心。于是乃兒不花的全部部將和馬?牛羊一律都歸屬了燕王。這一仗，燕王不費一兵一矢，而是以武力為后盾，以計謀取勝，這便是兵法上說的攻心為上吧？
自燕王出師北平，至獲乃兒不花全部以歸，整整二十九天，這是一次很漂亮的軍事行動。閏四月初一，燕王的捷報傳到京師，朱元璋大喜，對群臣說：“肅清沙漠者，燕王也！朕無北顧之憂矣?！?/p>
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