不管怎么說，在大明朝廷的暗示下，遼東地區的朱棣、朱權等藩王和韃靼的聯合，造就了帖木兒很大的麻煩，因為韃靼和帖木兒一樣，軍隊基本都是有騎兵構成，雖然戰斗力在帖木兒眼里不值一提，但是卻造成了他在哈密、瓦刺地區的停頓。
而且，韃靼沒有投靠帖木兒的理由，在他們眼里，只有黃金家族的人才能當蒙古人的大汗，帖木兒這只突厥和蒙古人混血的雜種，是不配領導他們的。有的時候，蒙古人對于血統的認可是十分認真的。
無形中，韃靼的反抗對于帖木兒侵略大明，起到了一個延緩的作用，但朱元璋不是那么想的，表面上奉旨和韃靼聯盟的朱棣也不是這樣想的，他和韃靼聯合，不過是為了在更大的本錢而已，蒙元已經不行了，已經被大明打殘，又在和瓦刺的爭端中消耗了大量元氣，剩下的只有茍延殘喘而已。
至于為什么沒有對蒙古殘余窮追猛打，那是由于文官的體制造成，那些文官不屑于北方的苦寒，認為就算是劃為大明的疆土，要派遣官員、軍隊，對于大明只能是負擔，而帶不來任何好處，文官體制造就了守成的思想，對于外界的毫無野心之后果，才導致敵人的修生養息。
朱棣不會犯這樣的錯誤，而他此時的最需要的就是時間，需要時間融合并控制韃靼，那樣才和帖木兒有著旗鼓相當的軍事力量。
而朱元璋對待日本的政策，也間接幫助了朱棣完成著心愿。
洪武二十八年初，征日大軍對于日本本州島實行了全面壓制，而此時，日本所謂的順民、良民都被集中在九州島上，四國變成了不毛之地。
大明軍隊登上九州島，大內氏的周防國首當其沖，受到了滅頂之災，不得不往京都方向逃竄，之前從來不愿意去的京都，大內盛見也扭扭捏捏的向足利義滿表示效忠。
周防、長門二國落在了大明的手里，并且穩扎穩打的繼續向前行進著。每每看到身材矮小又自不量力的日本人拿著柄武士刀沖上來，征日大軍都會爆發出輕蔑的眼神。
日本人好像不會集團沖鋒一樣，往往幾十個人，最多幾百個人就哇哇叫的沖了上來。有的時候，為首的將領還會先跳出來，要求單挑。不過總是先被火炮和火槍打倒一批后，能沖到陣前的就所剩無幾了。很多事后，大明將士的刀還沒有出鞘，戰斗已經結束。
這些狀況無疑是一個不可思議的現象，大明軍隊就像是一個燒紅的烙鐵一樣，這么幾個日本人沖上來，還不像幾滴水落上去，瞬間就干了了，要自殺也用不著這樣吧。不過關于日本刀的做工還是讓將士們十分眼饞的，于是在戰場上出現了這樣的一種現象，一旦戰事結束，往往兵卒們在軍官的帶領下一擁而上，在哪里爭搶日本武士刀，以此好回到家鄉炫耀。久而久之，軍官們也懶的管這些事情，反正戰事順利，就滿足一下大家的心愿。
但是這種情況發生的越來越少。在征日大軍的凌厲攻勢下，使日本的諸侯漸漸的向一起靠攏，在一起產生了同仇敵愾的意思，各路諸侯國的首領皆向京都方向靠攏。所以說越往后打，越難見到一次又規模的戰斗。
同時各諸侯國組織起自己的家兵，聯合在一起交與幕府一起帶領，共同抗擊入侵元兵，這個時候，為了趕快結束戰斗，大明又從山東都司調來了一萬五千人的屯田軍，在九州島上開始屯田，因為春天的到來，日本本土也要恢復一定的生產，不能老從中原運輸，西北越來越緊張的局勢也需要大批的糧草。九州島歸屬屯田軍管轄，對于本州的壓力有重了一些，于是開始磨刀霍霍的，準備給給日本人一個教訓。
足利義滿最近一段一時間也籌備了大約五萬人的軍隊，但是這支軍隊的裝束和武器卻是五花八門，聚集在一起，從遠處看來斑斑瀾瀾的像是塊破布一般，參差不氣的。因為他是由各諸侯國的家兵組成，日本斷絕了和朝鮮、大明的貿易，甚至連正規的軍裝都統一不起來。
足利義滿不敢以天皇的名譽，而是以自己為日本國王的名譽幾乎每個月都會派遣使節要求通過大明水師封鎖，秉承皇上的旨意，方明謙給予了拒絕，不由不使日本人感到絕望。
朱元璋之所以這樣做，是不想讓大明官員受到日本人那可憐兮兮的哀求，那些人就會裝可憐，既然做了，就要做徹底，他不想讓國內的注意力受到太大的干涉，現在有帖木兒在西北陳兵，大臣們對于日本戰事松懈了很多，正是一個最好的滅日機會。
日本人陷入了絕望，足利義滿此時內外憂患之下，終于堅持不住的病倒了，由足利義持主掌軍政。看到了明軍的火炮威力后，也嘗試著組織自己的敢死隊。
他們沒有大明的火器制造水平，只是抽選定了若干的武士。在身上背負火藥，雌伏于草叢或者樹林之間，遇見大隊的明軍走到身邊便點燃火藥直撲過去，以求最大的殺傷范圍。
足利義持將這支武士組成的敢死隊稱為“神風隊”。希望這種威力奇大的火藥能像上次的神風一樣護佑著他們。
這種襲擊也給大明軍隊帶不來什么大的傷害。因為只是小打小鬧的，最多會讓征日大軍出入更加小心一點，對于這些傷亡幾乎可以忽略不計，耿瓛等將領本來就沒有放在心上。任你背著火藥包跑來跑去，開始還吃點小虧，但是到了后來干脆就見了草叢或者不正常的日本人就是一陣亂槍。越來越讓其靠不近身來，神風隊能起到的效果自然也越來越差。
日本仍然在堅持，此時已經有很多大臣已經開始向足利義持施加壓力，要求再次和明軍展開和談，甚至就是把九州、四國等已經淪陷的島嶼割讓給大明也可以，而有的大臣，此時想起了朱棣的邀請，對于日本這個避無可避的島國，要求足利義持請求朱棣的收容。
二十多歲的足利義持的威望當然不及其父，這般大臣看著足利義滿的病重，竟然要求幕府還政后小松天皇或者后龜山天皇。
正如幕府將軍無視天皇的權威一樣，這時日本也經常出現守護大名藐視將軍，地方下層領主和武士挑戰守護大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的現象--人們稱這種現象為“下克上”。
例如，日本南北朝時，北朝的光嚴上皇出巡時碰到一個美濃的守護土歧賴。上皇的近臣喝道：“上皇圣駕到此，快快下馬！”土歧賴聞聽非但沒有下馬，反而大怒道：“你說清楚是院駕還是犬駕（日語中‘院’與‘犬’讀音相近），若是犬駕，就射他一箭。”說著，真的拔箭而射。他的隨從們一哄而上，把上皇車上的簾子扯掉，把車子掀翻，并把上皇身邊的公卿打了一頓。事后，土歧賴被幕府處死，但引起下層武士更大的不滿。
有人說：“如果沒有天皇不行的話，就用木雕一個，或以金鑄一個，把活的天皇流放天別的地方去，省得惹麻煩。”有人哀嘆道：“鳳凰生末世，落魄亦堪悲；雉雞遭野火，被逐無巢歸。”這時，天皇朝廷勢力式微，形同小諸侯一般。
而后龜山天皇，此時也在京師，當初日本南北朝統一之后，足利義滿并沒有履行自己當初的諾言，即仍舊恢復大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。南朝的皇族、公卿、將士異常憤慨，后龜山天皇也后悔不迭。南朝的皇室后裔和臣子們為了恢復舊業，不斷地進行著努力。
足利義滿在時他們還在暗中進行，但是現在足利義滿病重，足利義持年輕，而日本又遭到即將被滅國的危險，南朝的皇室后裔和臣子們也在不斷的準備著將幕府推翻的打算。只是時間沒有到而已。
有大明水師的協助，征日陸軍推進的很快，日本瞬間陷入了崩潰的邊緣，大軍一直往北攻去，不出旬月。就行軍至距離京都百余里的地點。由于后方戰線拉的過長，而逃到各處的日本武士又頗為難纏。經常出其不意的從樹林或者是山坳中跳出偷襲，殺了人立即有遁入山中林中。
為此不得不駐扎下來，清掃殘余的日本武士，才能使日本北方獲得片刻的喘息之機，但是京都已經是一片慌亂，天皇和幕府終究不敢再留在京都，已經商議前往奈良，坐船趕往位于神奈川縣鐮倉暫時避禍。一時間，京都內人心惶惶，很多武士為幕府的這一舉止感到恥辱。
足利義滿怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明為敵，還不惜以囚犯充當倭寇送到大明表示誠意，大明的皇帝從那里來的恨意呢。現在只能逃到鐮倉足利滿兼的地盤上尋求庇佑，這個時候，足利義持才感覺到事情的不妙，一面號召各路諸侯勤王保護天皇，一面開始遣使往朝鮮，希望能尋求援兵。
日本天皇和足利幕府決定往鐮倉方向暫避的決定，的確做的時機不是很好，嚴重打擊了日本的軍隊的士氣，可是這個決定做的也是十分艱難。第一，各守護國現在依然為著自己打算，雖然派出了部分兵力，但是絕對精銳還是留在了自己的地盤。
還有一條，今川了俊在足利義滿病危的情況下，堅決的從鐮倉趕來，要求天皇往鐮倉暫避，有沒有私心先不說，其中有一條，就是想用距離拉長明軍的戰線，意圖各個擊破。這一條得到了大家的一致認同，所以也顧不得名譽問題了。
他們認為，日本人民還是會擁護天皇的存在，只有最大限度的拉長戰線，才能尋找機會，那時候民眾都會被調動起來。屆時在給明軍致命一擊，只要失敗一次，大明征戰在外的勢頭就會減弱，再來侵略日本就很難了。
他們是這樣想的，就這樣做了，使大明不費吹灰之力進入了京都，控制了附近地區后，想皇上以及五軍都督府請示下一步的行動。
日本的京都幾乎是兵不刃血的落入了大明手中，按照耿瓛的既定策略，就是大量的征集日本民夫，繼續緊逼至尾張、三河兩個諸侯國。
在這距離鐮倉已經不足五百里的距離，雖然日本還有近一半的國土尚未淪陷，但是比較富庶的地方基本都落入了大明手中，耿瓛的意思，就是在尾張、三河一線修筑工事，鞏固自己勝利的果實。
足利義持和今川了俊共同對策，無可奈何之下，只得布置在多摩川一帶的防線，希望能拖過一段時日，等待事情的變化，因為他們派遣往朝鮮的使節還沒有回來，一切還只是變數。
此時，他們只好把天皇再次的提到了重要的位置上，不敢再有所怠慢，因為天皇畢竟是老百姓心中的一桿旗幟，只要天皇存在，他們就可以多拉攏一些支持力量。后小松天皇和后龜山天皇杯嚴格的按照大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。
后小松天皇引咎出家，后龜山天皇即位，這也是足利幕府為了拉攏南朝諸侯的權宜之計，洪武二十八年五月，足利義滿在內憂外患的情況下，終于不堪從京都到鐮倉的長途跋涉，在到達鐮倉的第五天，就吐血而亡。
足利義滿的死，注定了日本不能團結起來，以今川了俊和大內盛見為首的后龜山天皇一系，和以足利幕府為首的后小松天皇一系產生了巨大的矛盾，其中，以足利義持為首是屬于強硬派，要求大家團結，給大明前來侵略的軍隊以慘痛的教訓，甚至要求天皇再次北遷至蝦夷，以使日本大軍無后顧之憂，和明軍決一死戰。
而大內盛見已經完全失去了勇氣，今川了俊也表示應該做出姿態表示臣服大明，只要保留天皇一脈，什么條件都可以答應大明王朝。
兩者不可避免的產生了矛盾，而朱元璋在南京紫禁城得知情況后，終于放下心來，從另一個時空多出的幾百年經驗讓他早就預料著有這一天。
日本根本沒有處理侵略的能力，在此時的大明，在航海不算發達的現在，日本占據島國的便利，肆意的去掠奪其他國家，所憑借的就是他們是孤懸于海外的一片島嶼，根本不會擔心有國家前來侵略，再加上蒙元時期的兩次征伐都鎩羽而歸，更增加了他們狂妄自大的本性，所以根本沒有想到有軍隊會踏上他們的國土。
他們應變國家危機的能力實在是太差了，現在如此，另一個時空的美軍也是如此，別看他們作為倭寇是多么的兇悍，別看他們所謂武士道是多么的高傲，更不要看他們國內諸侯之戰時的殘忍，這一切不過都是表面的現象。
一旦有強于他們的軍隊踏入日本本土，他們外強中干的本色就會顯示出來，所以無論什么時候，他們都喜歡把戰爭引向其他地區，才會有瘋狂的掠奪，才會有殖民的產生，他們害怕被人看穿其懦弱的，用武士道包裝出來的虛假本性，甚至在另一個時空，連找盟友也不敢找臨近的國家，去找遠在萬里之外的德國、意大利。
對于臨近的國家，只會用瘋狂掩飾他們的恐懼。
朱元璋就是看穿了這一點，才不會允許大明身邊有這么一個毒瘤存在，大明和日本沒有和平，也不能共存，士大夫可能會陶醉在日本人虛偽的鞠躬之中。但是朱元璋卻是知道太多鞠躬后的利刃，由自卑引起的妒忌。
不能再拖下去了，每天都是軍費開支啊。不能把精力完全放在小島身上，于是，當尾張、三河的防御工事構筑完成之后，朱元璋下達了全面進攻的旨意。
因為沒有應付外敵的經驗，導致了日本現在處于表面和平，而暗中兩派天皇的分裂之中，只有更加的慌亂，才能讓他們沒有時間思考，處于更分裂的狀態。
皇帝這么說了，朝廷中的文武大臣們都深以為然，錦衣衛強大的情報收集能力使五軍都督府的老將們完全掌握了日本此時的動態。他們那個不是身經百戰的元勛，趁敵病要抵命的事情，他們也不是第一次去做了。
九州經過一年有余的經營，已經算是穩定，而四國島現在空無人煙，不需要防御，所以將九州島交給屯田兵守御后，耿瓛等人盡起大軍，往本州島開拔，為了不給屯田兵壓力，也為了后方的穩固，由順民、良民組成的炮灰軍隊大約近二萬人也隨之出發。
連同大明水師在內，共計十三萬大軍分三路逼向鐮倉方向，耿瓛率領東路軍經由遠江、駿河和伊豆三個日本小諸侯國（日本靜岡縣、山梨縣）直往前插入甲斐，然后在甯忠的配合之下清剿身邊的日本人。之后再往前進發武藏境內。
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