蕭昭業即位以后，不分青紅皂白的胡來，讓天下人失望，人民怨聲載道，到了無法忍受的地步，掌權的大臣蕭鸞決定把他廢掉。
但領導換屆不是小事，弄不好會血流成河的，因此難以定奪，但這事兒不辦不行。蕭鸞很看重蕭衍的才能，也知道因為父親的原因，蕭鸞內心仇恨蕭賾的后人。正因為如此，二人打得火熱，無話不談，現在有了難以解開的心結，蕭鸞馬上想到了蕭衍。在一個夜明星稀的夜晚，來到蕭府找蕭衍商量怎么辦。
蕭衍認為這件事可以做，但不是現在，現在動手肯定會夾生，说道：“廢立皇帝是大事，不能輕率從事，現在時機不成熟，輕易廢立難免會遭到諸王的反對。”
蕭鸞不以為然，说道：“現在的諸王都是笨蛋，只有占據荊州的隨王蕭子隆文武兼備。如果把他召回來，就萬事大吉了。但怎么才能讓他回來呢？”
蕭衍淡然一笑，不以為然的说：“隨王徒有虛名，一個表面光的草包而已。先高官厚祿收買他的左膀右臂，然后想辦法把他調回來就成了。”
蕭鸞對蕭衍的分析很贊同，馬上按照這個思路行事，一步一步的往前拱，環環相扣，于是成功將蕭昭業剁了，擁立蕭昭文，自己掌握朝政大權。
蕭鸞剛剛拿到中央的控股權，地位很不穩定，朝廷的地方大佬崔慧景很不服氣。崔慧景是地方的實力派，為持節、督豫州郢州之西陽司州之汝南二郡諸軍事、冠軍將軍、豫州刺史。這些官職很羅嗦，只要理解為地方軍閥就成了。
在京城風云變幻之際，崔慧景見少主新立，蕭鸞專權，害怕在新領導面前不得煙兒抽，于是暗中與北魏相通，致使朝廷疑懼。
南朝齊建武元年（公元494年）正月，蕭衍正在為老爹守孝，蕭鸞為了穩妥起見，在蕭衍仍服喪時，起用他為寧朔將軍，鎮壽陽，名為防備北魏，實防崔慧景。
兵貴神速，蕭衍立即率軍前來。魏軍尚主力在北方，未部署到位，崔慧景必須獨立面對朝廷的大軍。崔慧景掂量了自己的份量，覺得沒有任何勝算，于是，身穿著休閑服前往官軍的營寨拜謁。
崔慧景真夠光棍的，在走投無路時自投羅網，本人有犯罪動機，但沒有犯罪事實，你看著辦吧。蕭衍也是滿面春風，大碗酒大塊肉的招待了崔慧景，只字未提朝廷對他的懷疑，以國家大義勉勵一番以后，讓他回到豫州為國家站崗。
多么好的機會，咋就這么放了！小弟房伯玉、徐玄慶非常不理解，疑惑地問：“崔慧景反心昭彰，實是逆賊，我等將軍，如同獵鷹，您一聲令下，即可將其擒獲，為什么放了他呢？”
蕭衍微微一笑说：“崔慧景沒有任何反抗之力，殺了反而有損武夫聲譽。”
這一次坦誠相見產生了震撼的效果，崔慧景受到了觸動，于是安下心來，打消了舉兵反叛的打算。
蕭衍不戰而屈人之兵，免除了一場戰火，有大功與國家。大業草創階段，需要安定團結，能夠輕描淡寫的解決重大問題，達到了波瀾不驚的地步，人才啊！蕭鸞非常高興。
三個月以后，蕭鸞做皇帝之后，沒有忘記蕭衍的謀劃之功，把他提拔為中書侍郎，后來又升為黃門侍郎。因為關鍵時刻跟對了老板，蕭衍的地位開始顯赫起來。
不久，北魏將軍劉昶、王肅等人指揮大軍進攻司州。
齊明帝蕭鸞任命蕭衍出為冠軍將軍、軍主，隸屬左衛將軍、江州刺史王廣之指揮，為偏師，救援司州（今河南信陽）刺史蕭誕。
王廣之率軍開進，司州遙遙在望。這時，斥候報告：北魏軍隊嚴陣以待，軍容整齊，人強馬壯。王廣之感覺自己不是對手，不敢繼續前進。
蕭衍不想放棄戰機，一再請戰：“我們應屯軍于下梁城，在鑿峴（今河南信陽南）天險設防，據守雉腳之路，占據賢首山（今河南省信陽西南，亦名賢隱山），以便打開通往西關之路，兵臨敵人營盤，形成三方犄角之勢，擊敗敵人是不成問題的。”
盡管這個主意不錯，但是王廣之被敵人嚇破了膽，根本不聽。
蕭衍無奈，但不能坐視戰機消失，派部將徐玄慶帶著一隊人馬占據了賢首山。
魏軍發現了齊軍占據了險要之地，不敢掉以輕心，派出軍隊切斷了通往賢首山的糧道。賢首山的守軍陷入了三國時期馬謖一樣的境地，斷糧斷水，萬分危急。守軍派出使節求救，眾將都不敢前往增援，只有蕭衍請求率兵解圍。
這些人都是自己的部下，見死不救是不成的，看到蕭衍要堵槍口，王廣之馬上撥給蕭衍精兵。
蕭衍帶領五千軍隊出發，連夜抄小路趕到了距離北魏軍只有幾里地的賢首山，控制了制高點。借著微弱的月光，蕭衍看到了遠處的魏軍大營篝火熊熊，那一定是魏軍正在開燒烤大餐。蕭衍沒有心思猜測燒烤的是什么，馬上命令士兵將旗幟插滿了山上山下，聲勢要盡可能的大。
等到天一亮，魏軍看到了齊軍的旗幟，也不知道來了多少人，人心浮動，士氣喪盡。當時魏將王肅指揮進攻，因攻城難下，遂一鼓而退兵，使劉昶產生懷疑。蕭衍乘機捎信給劉昶，挑撥兩個人之間的關系。
魏軍頓兵城下，士氣受挫，主帥之間又不和，蕭衍抓住戰機，決定發起總攻。蕭衍知道這是一次硬仗，任何的膽怯和猶豫不決都會造成無法挽回的失敗。因此下達了鐵一樣的命令：“望麾而進，聽鼓而動。”
戰斗打響以后，蕭衍親自揮舞大旗，沖在了隊伍的前頭。在老板以身作則的鼓舞下，齊軍士氣大振，戰鼓聲驚天動地，響徹云霄。齊軍多路攻擊，中間突破的是**著胸膛，手持短刀的敢死隊，手持長槍大戟的步兵負責掩護，從兩翼向敵營包抄。司州城內守軍受到了鼓舞，大開城門出擊。
齊軍血戰不退，前面的倒下去了，后面的踩著尸體撲上來，沒有一人后退。魏軍腹背受敵，軍心大亂，十萬大軍土崩瓦解，一溜煙的逃跑。
蕭衍賭贏了，這場戰役大獲全勝，殺敵數千，繳獲無數。戰后清點物資，從王肅、劉昶遺留下的巾箱中找到了北魏孝文帝的敕書。上面寫道：“聽说蕭衍善于用兵，勿輕易與其交鋒，待我至。若能俘獲此人，則江南將為我所有。”
司州刺史蕭誕英勇抗戰，堅守孤城，居功甚偉，但因為受到了哥哥的牽連，被蕭鸞毫不客氣地剁了。
蕭衍因功任司州刺史，在任期間，安撫百姓，加強城防，威望日高。人民是知恩圖報的，曾有人贈送馬匹，蕭衍不肯接受，贈馬人于是偷偷地將馬栓在衍房前的柱子上。蕭衍出門看到了馬，寫了一封措辭誠懇的信栓在馬頭上，叫人將馬趕出城外，希望其主人認領。不料不久后，馬又被人送到府上。
任何一個領導都會忌諱小弟獲得太多的擁護，古來如此，現在也是一樣。蕭衍卻因其威望而受到齊明帝的猜忌，將他召回京師擔任太子中庶子這么一個閑職，不久，又讓他出鎮石頭城。
蕭衍鬼靈精一個，知道自己已經不讓領導放心了，以蕭鸞的性格，隨時都有可能派人半夜拜訪自己。這時候無處可逃，唯有明哲保身，夾起驕傲的小尾巴。為了解除齊明帝蕭鸞的疑慮，蕭衍將自己的小弟遣散回家，一個都不留。不僅如此，為了顯示與世無爭，經常一身便服，帶著幾個端茶倒水的隨從，乘坐折角小牛車到處游山玩水。
蕭衍的潛伏很成功，蕭鸞大肆屠殺名臣宿將，不論親疏，有能耐的一律剁了，就是沒動蕭衍一個手指頭。
南朝齊永泰元年（公元498年）的二月，北魏軍隊再次南下，接連攻下了新野和南陽，前鋒直指雍州，即當前的湖北襄樊市。
敵人氣勢洶洶，齊明帝蕭鸞嚇壞了，趕忙派人將賦閑在家的蕭衍請到了朝堂，鼓勵了一番，讓他和左軍司馬張稷、度支尚書崔慧景領兵增援雍州。
第二年的三月，蕭衍和崔慧景領兵到達雍州西北的鄧城（今湖北襄樊西北），根本顧不得休息，立刻與北魏軍作戰，一不留神被坑了，被北魏的幾萬鐵騎包圍。
蕭衍剛剛得知城中糧草和武器缺乏，而這是堅守必須擁有的條件，于是就對崔慧景说：“我們遠道征戰，本來就很疲憊，需要休整，現在又遇到強敵圍困。一旦糧盡，肯定會發生兵變。為防萬一，我們還是趁敵人立足未穩，鼓舞士氣殺出重圍為上策。”
崔慧景害怕出現蕭衍展示的情況，但讓他往外闖卻是很害怕，不過，這話说出去太丟人，故作鎮靜地说道：“北魏是騎兵，野戰是特長，攻城不是很擅長，我們還是等幾天，说不定他們很快會退兵的。”
沒想到魏軍越來越多，沒有退卻的跡象。崔慧景領兵扼守南門，害怕了，沒有和蕭衍商議，就私自帶著自己的小弟們逃走了。
主帥一走，樹倒猢猻散，其他各部見統帥溜了，也紛紛逃散。蕭衍無法控制局面，只好命令軍隊撤退，邊戰邊退。過一道溝時，軍隊自相踐踏，北魏騎兵趁機攻擊，在隊伍的背后集束射擊，齊兵死傷慘重。最后，蕭衍率殘兵退到了樊城，才得以站穩腳跟。
這次戰敗后，齊明帝蕭鸞沒有責怪蕭衍，而是讓他主持雍州的防務，任雍州刺史，替領導站崗，防備北魏軍隊。自古以來，有兵有地盤的才是真正的實力派，從此，蕭衍就有了一塊固定的根據地，這為他勢力的發展奠定了基礎，成為日后爭奪江南的資本。
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