1576年2月10日（萬歷四年正月十一日），毛文龍出生于浙江杭州府錢塘縣忠孝巷。祖父毛玉山，原在山西經營官鹽，后因生意需要，舉家遷往杭州。父親毛偉，棄商從儒，納捐為監生，娶妻沈氏。沈家乃杭州望族，有“杭州甲族，以沈為最”之稱。毛偉與沈氏共育四子，摶擊。”

時朝中閹黨橫行，黨派相攻者無虛日，而閹黨也欲除掉袁可立以剪孫督師之翼。袁可立沒有意氣用事，而是“力柔其（毛文龍）骨”[4]，勸毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龍）膽智。”他認為毛文龍的存在事關明金戰爭大局，不是隨便找個人就能替代的，最后是自己選擇了“功成身退”。

在地震時還在向朝廷上疏請求“預籌毛帥之接濟”。天啟二年五月初二日，楊嗣昌剛上任就替袁可立向皇帝請餉道：“撫臣袁可立受命方新，請發帑金二十萬安兵散民，似非得已。惟在圣明裁定，賜予若干。”

還有一些重山海輕沿海的激進朝官指責袁可立袒護毛文龍道：“毛文龍居海外，屢以虛言逛中朝，登萊巡撫袁可立每代為奏請。”袁可立兩頭受氣，處境十分尷尬。

袁可立去，毛文龍無人能御，導致了后來一系列悲劇事件的發生，這可能也是毛文龍和當時的明廷所始料未及的。

不過，毛文龍占居的東江，形勢雖然足以牽制后金，但他本人謀略有限，每年浪費的軍餉無法計算，并且只顧征招商賈，販賣禁物，名義上在援助朝鮮，實際上是妄出邊塞，沒有軍事的時候就以變賣人參、布匹為職事，有戰爭，也很少得到過他的功用。

工科給事中潘士聞彈劾毛文龍浪費軍餉濫殺俘虜的罪行，尚寶卿董茂忠請求撤了毛文龍的兵，專門整治山海關、寧遠的軍隊。兵部討論認為不行。袁崇煥心里對毛文龍不高興，曾上書請求派部臣到毛文龍處清理糧餉。毛文龍討厭有文臣在身邊牽制，上書反駁，袁崇煥很不高興。等到毛文龍來拜訪時，袁崇煥按賓客之禮迎接他，毛文龍又不謙讓，袁崇煥除掉毛文龍的主意更加堅決了。

矯詔被殺

到了這個時候，袁崇煥就以閱兵為名，乘船到達雙島，毛文龍前來會面。袁崇煥同他設宴飲酒、行樂，每每到半夜才罷，毛文龍沒有覺察袁崇煥的意思。袁崇煥同他商量更改營制，設立監司，毛文龍很不高興。袁崇煥用離職返鄉勸說他，毛文龍回答說：“以前有這個意思，但現在只有我了解東部戰事，等東部戰爭完畢，朝鮮衰弱，可以一舉而占有。”

袁崇煥更加不高興，就在六月五日這天邀請毛文龍來觀看將士們射箭，先在山上設了帷帳，命令參將謝尚政等安排身穿鎧甲的士兵埋伏在帳外。毛文龍來后，他手下的士兵不能進帳里來。袁崇煥說：“我明天出發，海外的事情全寄托在您身上了，請受我一拜。”

互相拜見之后，一起登上山來。袁崇煥問起他隨從軍官的姓名，多是姓毛的。毛文龍說：“這些人都是我的孫子。”袁崇煥笑了，說道：“你們在海外勞苦多日，每月祿米也只有那么一斛，說起來痛心呢，也請受我一拜，大家都為國家盡力。”這些人都叩頭道謝。

此詰問毛文龍幾樁違令的事情，毛文龍做了對抗性的辯解。袁崇煥高聲喝斥他，讓人扒下他的帽子和袍帶，把他捆了起來，毛文龍仍很倔強。袁崇煥說：“你有十二條該斬頭的大罪，知道嗎？按我朝祖宗定下來的制度，大將領兵在外，必須接受文官的監視。

你在這邊一人專制，軍馬錢糧都不接受核查，一該殺。大臣的罪沒有比欺騙君主更大的，你送上奏章全都蒙騙，殺害投降的士兵和難民，假冒戰功，二該殺。大臣沒有自己的將領，有則必殺。你上書說在登州駐兵取南京易如反掌，大逆不道，三該殺。每年餉銀幾十萬，不發給士兵，每月只散發三斗半米，侵占軍糧，四該殺。擅自在皮島開設馬市，私自和外國人來往，五該殺。

部將幾千人都冒稱是你的同姓，副將以下都隨意發給布帛上千匹，走卒、轎夫都穿著品官官服和袍帶，六該殺。從寧遠返回途中，劫掠商船，自己做了盜賊，七該殺。強娶民間女子，不知法紀，部下效仿，使得百姓不安于家，八該殺。驅使難民遠遠去幫你盜竊人參，不聽從的就被餓死，島上白骨累累，九該殺。

用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，并在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。鐵山一戰敗北，喪師不計其數，卻掩敗為功，十一該殺。設鎮八年，不能收復一寸土地，坐地觀望，姑息養敵，十二該殺。”宣布完后，毛文龍喪魂失魄，說不出話來，只是叩頭請免他一死。

袁崇煥召他的部將來說：“毛文龍這樣的罪狀，該不該殺他？”大家都怕得唯唯諾諾，誰敢反對？中間有稱道毛文龍數年勞苦的，袁崇煥訓斥說：“毛文龍本是一個平民百姓罷了，官做得最高，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他怎么就這樣悖亂違逆呢！”

接著就磕頭請求皇帝的旨意說：“我今天殺毛文龍以整頓軍紀。將領中間有和毛文龍一樣的，都要殺了他們。我不能成功的話，請皇上也像殺毛文龍一樣殺了我。”于是取下尚方寶劍在帳前把毛文龍的頭砍了下來。出來告訴他的將士們說：“只殺毛文龍一個人，其他人都沒有罪。”

這時候，毛文龍麾下兇猛強悍的官兵有數萬人，都怕袁崇煥的威風，沒有一個敢亂動的。袁崇煥命人用棺材埋了毛文龍。，但也未能拿出證據。