孔有德大約出生于萬歷三十年（1602年），是鐵嶺礦工出身，“長于弓馬，不識字”。天啟元年（1621年），后金占領遼沈后，孔有德同其兄孔有性投奔明將毛文龍，參與了鎮江大捷，后轉進朝鮮皮島。

他與同鄉耿仲明過從甚密，據說拜耿仲明為義兄，后來人們多以“孔耿”連稱。孔有德“驍勇善斗，臨陣先登，為諸將冠”，累升至參將。毛文龍收他為養孫，賜名永詩。他對毛文龍的知遇之恩非常感激，以至于在貴為清朝藩王后依然“每言（毛）大將軍時事，輒于色不自勝”。

萬歷四十七年（1619年）薩爾滸戰役以后，后金政權在東北迅速崛起，到崇禎年間（1628—1644年），已基本上控制了東北地區，山東半島已成為明朝防御后金軍渡海南下的前線。

自天啟年間到崇禎初年，毛文龍部以遼東沿海金州、朝鮮皮島一帶為根據地，屢次襲擊后金的后方，給后金造成了威脅。然而這支部隊軍紀敗壞，不聽明朝政府指揮，冒領軍餉，騷擾地方，引起明政府的憂慮。

崇禎元年（1628年），袁崇煥督師遼東，借機處死毛文龍，其舊部由副將陳繼盛統轄。孔有德認為毛文龍“無罪橫受屠酷”，感到非常寒心，終日悶悶不樂，于是投奔了孫元化，隨孫元化去了登萊。

崇禎四年（1631年）八月，皇太極率后金兵攻大凌河城，祖大壽受困城內。十月，孫元化派孔有德從海上支援大凌河，因在三岔河（遼河口）遭颶風而還。隨后兵部又令其從陸路進軍，孫元化率八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東人素不和，沿途閉門罷市，士兵苦不堪言。

閏十一月二十七日，當孔有德抵達吳橋時，因遇大雨風雪，部隊給養不足，士兵在大戶王象春家吃東西不給錢，其子向孔有德控訴，孔有德對違紀士兵施以貫耳游營之刑，于是士兵大嘩，焚燒王家莊園。翌日，李九成說服孔有德發動吳橋兵變，回軍登州，在耿仲明的內應下破城，自號都元帥，孫元化忠于朝廷不愿稱王，孔有德放他逃離登州。

崇禎五年（1632年）正月，孔有德部東進圍登州，登州告急，而在此防守的孫元化仍相信自己能招撫孔有德，疏于防范。孔有德乘機讓部下300余人詐降，混入登州城，與在城里的耿仲明等密謀策劃，并趁夜間人們熟睡之時，里外夾攻，占領了登州城，活捉了孫元化及明守備宋光蘭、分巡道王梅等官員。

總兵張可大堅守水城數日，終因寡不敵眾，水城陷落，張可大殺死妻妾后自盡于太平樓。孫元化不久逃回天津，被明政府處死，余大成也被罷免。不久以后，孔有德、耿仲明等人又攻破黃縣，明廷急令謝璉為副都御使巡撫登萊，擢參政徐從治為山東巡撫，讓徐從治駐守萊州城，以防備孔有德部西進。

崇禎五年（1632年）二月，孔有德部率軍圍攻萊州，徐從治與謝璉拼死抵抗，同時向朝廷求援。但自北京南下的總兵劉同柱，雖抵山東境內，卻遲遲不敢到萊州解圍，大學士周延儒與兵部主事張國臣等又提議招撫，張國臣等也自愿到陣前招撫孔有德等人。

明主力部隊的遲疑不前和主撫派的活動，更加助長了孔有德等人的氣焰，他廣招原部下，駐守皮島的明將陳友德等3000人，也加入到叛亂的行列。叛軍更是全力攻打萊州城。對于明朝一些官員的招撫行為，堅守萊州的徐從治、謝璉等人堅決反對。

在徐從治、謝璉和萊州知府朱萬年等的帶領下，守衛萊州的軍民“備芻糧，設守具，據敵數月”。在叛軍的重重包圍之中，盡管城中已到彈盡糧絕的地步，仍拒不開城投降。而明總兵鄧圮、王洪已率川兵萬人自昌邑來援，距萊州僅40里，卻接到命令駐足不前，指望招撫成功。孔有德見狀，拼命攻城，巡撫徐從治親上城樓，被叛軍炮火擊中，重傷而死。他的死更激發了萊州軍民守城的決心，“萊人感其義，卒堅守不下”。

崇禎五年（1632年）七月，萊州被圍已有4個月之久，但明政府的一些官員卻并不急于解萊州之圍，而是一直采用招撫的手段對待孔有德。由于萊州城防堅固，叛軍一時也難以得手。孔有德見攻萊州不下，就又施展詭計，給總督劉宇烈寫信，表示愿受撫歸降，但要面見謝璉談判。劉宇烈派推官屈宜陽入萊州城，謝璉信以為真，先讓知府朱萬年出南門面見孔有德，孔有德告訴朱萬年，表示愿意投誠。

朱萬年回城將情況告知謝璉，謝璉與朱萬年及翟、劉兩個派來監軍的宦官出城與孔有德見面，宣讀朝廷讓他投降的詔書。孔有德早有準備，立即讓部下將4人捉住，乘城門大開，急令攻城。朱萬年見勢危急，大喊關閉城門，被孔有德殺死。明軍緊急關閉城門，孔有德破城計謀未能得逞。

謝璉被俘后，明政府招撫不成，遂急令各路援軍向孔有德進攻。孔有德見情勢不妙，撤回登州城，明總兵吳襄率軍克招遠、黃縣，萊州之圍方解。同年九月，明軍將孔有德叛軍圍于登州城中。十月，明軍開始攻城，戰斗進行得十分激烈，明副總兵丁思侯、裨將程仲文、祖邦樓在攻城中戰死，叛軍主要將領李九成也被明軍炮火擊斃。

孔有德見登州難保，于崇禎六年（1633年）二月十三日率叛軍近萬人突圍，棄城登船而逃。駐守在旅順、長山、鹿島的明總兵黃龍，預計孔有德兵敗后必經長山、旅順而投奔后金，早已嚴陣以待，周文郁等也窮追不舍。孔有德部在旅順一帶登陸后，黃龍率兵伏擊，擒獲孔有德部將毛有順、毛承福等人，大敗叛軍。孔有德、耿仲明等率余部逃到蓋州，轉投后金，上書乞降曰：

為直陳衷曲，以圖大事：照得朱朝至今，主幼臣奸，邊事日壞，非一日矣。兵士鼓噪，觸處皆然，非但本帥為此也。前奉部調西援，錢糧缺乏，兼沿途閉門罷市，日不得食，夜不得宿，忍氣吞聲。行至吳橋，又因惡官把持，以致眾兵奮激起義。遂破新城、破登州，隨收服各州縣。去年已有三次書札，全未見復，始知俱被黃龍在旅順所截奪。繼因援兵四集，圍困半載，彼但深溝高壘，不與我交戰。

彼兵日多，我兵糧少，只得棄登州而駕舟師，原欲首取旅順為根本，與汗連合一處，誰知颶風大作，飄至廣鹿島（大連海中）。本帥即乘機收服廣鹿、長山、石城諸島，若論大海，何往不利？要之終非結局。久仰明汗網羅海內英豪，有堯、舜、湯、武之胸襟，無片甲只矢者，尚欲投汗以展胸中之偉抱；何況本帥現有甲兵數萬，輕舟百余，大炮火器俱全。有此武備，更與明汗同心協力，水陸并進，勢如破竹，天下又誰敢與汗為敵？此出于一片真熱心腸，確實如此。汗如聽從，大事立就，朱朝之天下轉瞬即汗之天下。

是時明汗授我何職，封我何地，乃本帥之愿也。特差副將劉承祖、曹紹中為先客，汗速乘此機會，成其大事，即天賜汗之福，亦本帥之幸也！若汗不信，可差人前看其虛實如何。本帥不往別地，獨向汗者，以汗之高明，他日為成大事，故效古人棄暗投明也，希詳察之。

崇禎六年（1633年）四月，他們率叛軍及家眷10000多人在鴨綠江口與濟爾哈朗、阿濟格、杜度率領的后金兵會合，被要求剃發，登萊之亂遂告結束。

由于孔有德帶來了后金急需的艦隊、紅夷大炮及匠人，所以皇太極對他們的投降極為重視，親率諸貝勒出盛京十里迎接，并使用女真人最隆重的“抱見禮”相待，仍以他為都元帥，安置東京（遼陽），自成一軍，稱“天佑兵”，給予特殊待遇，隨后便引后金兵攻占黃龍所在之旅順。

崇禎九年（1636年）大清帝國成立之際，孔有德受封恭順王，并且作為漢官代表勸進。同年冬，孔有德等三順王充當了清軍的急先鋒，帶領6千清軍攻打朝鮮，迫使朝鮮投降清朝，使明朝失去了可靠的鄰國和在東面牽制清軍南下的重要力量。在以后清朝對明戰爭中，孔有德也大多參與其中，立下汗馬功勞。

順治元年（1644年），清軍入關后，孔有德隨多鐸追剿李自成及南明武裝力量，鎮壓了江南各地的抗清斗爭。凱旋后還駐遼陽。

順治三年（1646年）授平南大將軍，進攻南明永歷政權，從此孔有德開始單獨統兵。他占領了湖南地區，但在桂林被瞿式耜等打敗。順治五年（1648年）六月至武昌候旨換防，其間金聲桓、李成棟反清，各地清軍向孔有德求救，孔有德卻不發一兵一卒。

孔有德班師回京后，南方局勢趨于穩定，清廷又打算調三順王南征，起初決定以孔有德守福建，尚可喜平廣西，但尚可喜認為廣西地處偏僻，情況復雜，有意推辭，這時孔有德“毅然以粵西為請”，于是清廷予以批準，改封他為定南王，率軍二萬出征廣西，并攜家鎮守。

順治七年（1650年）十一月，孔有德率清軍破桂林，俘虜南明重臣張同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等，孔有德住進了靖江王府，改為定南王府。起初孔有德對待他們如座上賓，后因截獲瞿式耜暗約焦璉攻城的密檄，便將瞿、張二人處死于桂林風洞山仙鶴嶺下，靖江王朱亨歅則在西門外民房中被縊死。

孔有德在隨后一年時間中幾乎占領了廣西全境，但表面風光的背后卻是強弩之末。順治九年（1652年），西寧王李定國率東路軍收復湖南大部，并南下廣西，直趨桂林。

六月，清定南王孔有德親自率軍前往興安縣嚴關，扼險拒守，明軍以象陣大破清軍，取得嚴關之戰的勝利。孔有德狼狽奔回桂林，下令緊閉城門，惶惶不可終日。

李定國乘勝追至桂林，將城包圍。七月初四，明軍登云梯攻城，孔有德額頭已中一箭，他自知走投無路，便令其妻妾上吊自殺（一說被孔有德拔劍殺死），自己在王府縱火，北向再拜，自刎而死。其子孔廷訓逃跑過程中被明軍俘獲，僅有一女孔四貞逃脫。

順治帝聽說孔有德死訊后，賜謚號武壯，兩年后孔四貞奉其父遺骸還京，順治帝命三品以上大臣郊迎，給予厚葬。孔有德之子孔廷訓在順治十五年（1659年）被李定國下令處斬，孔有德絕嗣，女兒孔四貞則被孝莊太后收為養女。