乾隆三十八年（1773年）正月，當阿桂攻打當噶爾拉山時，福康安持印而至，于是阿桂留福康安佐其領兵作戰。次年二月，清軍攻喇穆喇穆，福康安則督兵攻克其西各碉堡，又與領隊海蘭察合軍，乘勝攻下羅博瓦山，并北攻得斯東寨。一天夜晚，土司之兵乘雪霧迷蒙，夜色籠罩，偷偷登山，襲擊副將軍常祿保駐扎營地，福康安聽到告急槍聲，立即督兵赴援，擊退了土司的進攻，受到乾隆帝嘉許。五月，駐扎在山麓上的土司又借著雨天的掩護，筑起兩座碉堡，福康安率八百士卒，夜間冒雨攻打碉堡，入碉中襲殺數人后毀其碉。乾隆嘉許他“壯軍威、破賊膽”的行為，特旨褒獎。

乾隆四十年（1775年）四月，乾隆帝鑒于福康安為西路得力之人，赴宜作戰尤為出力，授為內大臣。五月，福康安克榮噶爾博山，進至程》，改革并充實了多項方針，加強了駐藏大臣的職權和地位。

乾隆六十年（1795）二三月間，清政府調遣云貴總督福康安、四川總督和琳、湖廣總督福寧率領七省兵力十余萬人，分路鎮壓。八月，聚集在平隴的起義軍推吳八月為苗王，石柳鄧、石三保為將軍。福康安、和琳采用剿撫并用的措施。九月，吳半生被俘獲。十二月，吳八月被俘。初戰告捷，乾隆帝破格封福康安為貝子，他是第一個宗室之外，活著被封為如此顯爵的人。

由于長途跋涉和緊張作戰，福康安病倒在軍中，但他仍繼續督戰，終因積勞成疾，于嘉慶元年（1796年）五月，病逝軍中。同年六月，石三保被誘至坳溪被俘。起義領袖相繼遇害，起義軍開始失利。九月，額勒登保代替先后病死軍中的福康安與和琳為統帥，調集重兵圍攻起義軍，至十二月，起義軍的最后據點石隆寨失陷，石柳鄧戰死于貴魚坡，苗疆至此平定。乾隆帝萬分悲痛，追封福康安為嘉勇郡王，配享太廟，并建立專祠以致祭。