就在桓玄得意時，劉裕派遣劉毅、何無忌、劉道規率兵追至湓口，桑落洲一戰，晉軍大敗江州刺史郭昶之、游擊將軍何澹之、江夏太守桓道恭等人的雜牌軍，進軍至尋陽。Www.Pinwenba.Com 吧桓振、郭銓、何澹之、郭旭等人數道皆敗歸。不憤之下，桓玄自率戰艦二百艘，以苻宏、羊僧壽為先鋒，前往崢嶸洲（今湖北鄂州江上），與劉道規率領的晉軍決戰。
當時，劉道規率領的晉軍不足一萬人，而桓玄卻有數萬兵力。敵強我弱之勢明顯，晉軍將士恐懼，意圖退守尋陽。劉道規決然說道：“不可以！敵眾我寡，強弱之勢分明，現在如果畏縮不敢前進，必然會給敵人可乘之機，我軍即使撤退到尋陽也未必能守得住！桓玄雖然被稱為英雄豪杰，其實就是一個懦夫。現在他兵敗出逃，軍隊士氣低落。兩軍決戰，杰出的將領就是勝利的保證，這和人數多少沒關系。”于是率先領兵進攻。
劉道規說的沒錯，桓玄軍隊雖然占有壓倒優勢，但他內心怯懦，大戰前即在指揮艦旁停靠了兩艘便于逃跑的小船。手下的小弟知道了，人心盡喪，根本沒有斗志。
一個人到了最后關頭，就要有賭徒的心理，如果不放手一搏，那么就滿盤皆輸了，因為你的敵人絕對不會放過你。沒有必死之心，必有取死之道。這不是什么了不起的大道理，人生經驗而已，古來如此，至今依然。所以，人不能惹事，躲得八百里才好，但一旦有事，就一定不要怕。可惜，學問五車的桓玄，竟然不懂這樣淺顯的道理。
雙方交戰。劉道規命令軍士乘風縱火，奮勇沖殺，不要命地沖殺而來，受到劉道規勇敢的鼓舞，一直猶豫的劉毅等人隨后率軍跟隨。
在晉軍不計生死的拼命進攻之下，桓玄手下的軍隊士無斗志，抵抗乏力，被打得大敗，桓玄無奈，下令燒掉輜重連夜逃遁。看到大勢已去，桓玄手下的小弟郭銓、殷仲文相繼投降。桓玄逃返江陵，大將馮該勸他出城復戰。桓玄一咬牙一跺腳，率領小弟出城砍人，還沒有看到敵人的影子，心里的害怕就抑制不住，再次逃回江陵城。跟著這樣的銀樣镴槍頭混還有什么前途，手下的小弟人心惶惶，紛紛逃跑，老板的軍令不行，城內一片混亂。
桓玄幾乎輸掉了褲子，走投無路，打算逃往漢中投奔梁州刺史桓希。六月十五日深夜，收拾停當，率親近心腹小弟數百人騎馬出城西走，剛剛到達城門，一把快刀在月光中劃過，直接向桓玄的脖子上砍來，黑夜之中準頭太差，沒有砍中。靜悄悄的隊伍頓時大亂，小弟們也不知道是誰下的手，害怕自己也被剁了，拔出刀護住面門，只要是靠近的，不管是敵是友，一律剁了，于是，狹窄的城門成了修羅場，死尸交橫于路。
桓玄勉強得命，逃到座船，天已經放亮。當時，益州刺史毛璩的弟弟毛璠病亡，其孫毛佑之與毛璩的參軍費悅送喪回江陵，一行有二百多人，乘坐幾艘大船，恰好停泊在桓玄的坐船不遠處。桓玄身邊的屯騎校尉毛修之是毛璩的侄子，眼見大勢已去，很想拿桓玄當作頭功的籌碼，于是勸誘桓玄進入蜀地避難。這是一個不難思考的問題，換了誰都不會答應，奇怪的是，“桓玄從之。”
人要是找死，別人是攔不住的。桓玄稱帝后，首倡義旗討伐他的就是毛璩，危急之時，竟然聽信毛氏族人，自己前去送死，這不是尿憋的嗎！果然，毛修之早已和毛佑之等人打好招呼，設好了陷阱。桓玄一行人傻乎乎的向益州軍船駛來。眼看進入了射程，毛佑之命令手下小弟放箭，迎擊桓玄，毛修之一個猛子扎進水中，一頓狗刨跑了。箭矢漫天飛舞，仿佛疾風暴雨，桓玄身邊兩個太監很忠勇，奮不顧身的掩護老板，被射得刺猬一般，登時身死。桓玄身中數箭，血流不止。他六歲的小兒子桓升一面哭，一面用小手撥去父親身上的羽箭。
兩支船隊靠近，益州護葬軍士中一個叫馮遷的小頭目很勇悍，王，諸軍勿見殺”。
益州兵將兇狠殘忍，殺人不眨眼，見到一個孩子如此鎮定，冷靜超過了七尺男兒，當時就很震撼，均沒敢動手。這孩子，也算給桓玄長了臉，不至于見到老爹桓溫無話可說。少年犯桓升沒有受到優待，被當做朝廷要犯押解到江陵，被劉裕下令斬首于江陵鬧市。
雖然桓玄已經走進了歷史，但是，桓家的故事沒有結束，桓謙、桓振仍然在戰斗，而且，他們手里有一張牌，晉安帝兄弟掌握在他們手中。安帝比較倒霉，桓玄被殺，安帝復辟為皇帝，暫時寄居在江陵。但好景不長，六月二十六日，桓玄的揚武將軍桓振率軍突襲，攻陷了江陵，安帝被俘。
聽聞桓玄死訊，桓振提劍，闖入晉安帝的住處，怒向安帝喝道：“臣一門何負國家，而屠滅若是！”
這一句可是對牛彈琴，白癡皇帝晉安帝呆望桓振，一句話不說。在一旁伺候的傻皇帝的兄弟司馬德文連忙向桓振施禮，陪著小心說：“我兄弟怎么能干這事！”
桓振一想也是，這事兒跟他們沒有一毛錢關系，自己找錯地方了。
不久，聽聞孩子桓升又被殺于鬧市。桓振終于忍不住了，你們殺我兄弟，我就剁了你的兄弟，又要殺安帝兄弟。但他的殺人計劃還沒有等到實施就夭折了，因為桓謙不同意蠻干。
桓振是桓溫親侄桓石虔之子。桓石虔小名鎮惡，少年時諸將射虎，開玩笑讓桓石虔拔箭，這小子真的從受傷怒跳的猛虎身上親手拔出數箭，嚇得桓溫的小弟目瞪口呆。桓溫帶兵入關討伐前秦老板苻健，桓石虔競以單騎沖入前秦萬人軍中，救出被圍的叔父桓沖，“三軍嘆息，威振敵人”。桓振有其父風，果銳敢斗，但暴橫無行。
桓玄被斬后，桓振聚眾攻陷江陵，挾持安帝，慨嘆道：“公昔早不用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定。今獨作此，安歸乎！”自稱都督八州軍事、鎮西將軍、荊州刺史。
桓謙是桓玄的叔伯兄弟，他也不是和傻皇帝有感情，這么做也是無奈之舉。現在大勢已去，老板死于非命，總得又一個籌碼保命，而傻皇帝的分量不輕，剁了太可惜了。桓振與叔父桓謙商量了一陣，覺得拉大旗作虎皮也不錯，于是以傻皇帝安帝為主，把國璽奉還晉安帝，請他正式復位，“還政于晉”。自為荊州刺史。
東晉義熙元年（公元405年）正月，桓振挾持晉安帝至江津（故城在今湖北省江陵南），提出以割江、荊二州為條件，奉還天子。現在的局勢變了，桓家已經沒有資格叫牌，劉裕當然不能接受這個條件，派出大軍掃蕩。由于桓振勇武，劉裕派去的大將魯宗之被打得大敗。不久，劉毅等人擊敗桓玄的小弟馮該的殘部，桓謙匹馬逃走，眾人迎安帝反正。
桓振收拾潰軍，復襲江陵，敗中取勝，竟能大敗東晉宗室司馬休之的主力。不過，強弩之末，勢不能穿魯縞，最后，桓振身邊僅剩數十人。就是如此，這小子也不服輸，仍與晉將索邈大戰于沙橋。“振雖兵少，左右皆力戰，每一合，振輒瞋目奮擊，眾莫敢當。”
數千大軍竟奈何不了區區幾十個流寇，晉軍夠慫的！估計是內心深知日暮途窮，悲觀失望，桓振數戰之后，以酒當水，痛飲完畢，又乘醉突陣。晉軍這回學乖了，誰也不上前短兵相接，一齊放箭，桓振身中數創，仍前沖不畏，斬將搴旗，無人敢擋，最后，這位桓家最后一個純爺們也戰死于沙場。桓謙聽說桓振敗亡，覺得江南再無容身之地，奔于后秦。
桓氏親族中，因桓沖忠于晉室，故特免他的孫子桓胤之死，流放到新安郡。不過，他的苦難遠沒有結束，因為他碰到了何無忌。
何無忌忠貞堅定，但意氣用事，每當有人做事不合其心意，情緒就會顯現在其說話和神態上。殷仲文棄暗投明，做了東陽太守。殷仲文文章寫得好，為世所重。謝靈運曾經評價說：“文才不減班固。”何無忌十分仰慕殷仲文，急于向他討教，可是一直沒有機會。
東晉義熙三年（公元407年），殷仲文出公差，答應順道拜訪何無忌。何無忌非常高興，命令文人殷闡等人撰寫義構文，以等待殷仲文的光臨教導。沒想到殷仲文把這事給忘了，辦完事就走了。何無忌認為殷仲文瞧不起自己，讓自己在小弟面前丟盡了面子，于是大發脾氣，想一想不解恨，就向劉裕打小報告：“桓胤、殷仲文是心腹之患，南燕對比起來不足為憂呀。”視消滅他們比對付當時南侵的南燕更重要。
這句話讓劉裕記住了，當年閏二月，劉裕府將駱冰因謀反而被殺，其父駱球與殷仲文、殷叔文等皆被指謀反而被誅殺，而桓胤亦被指是殷仲文陰謀擁立的桓玄繼承者而被殺害。經歷桓玄之亂，桓玄的叛變終于摧毀了東晉的皇權，劉裕成為東晉舉足輕重的人物，為南朝宋的建立奠定了基礎。東晉的國祚，也馬上要走到盡頭了。
桓玄的出生很靈異，他的死也帶有宿命色彩。據說，元興年間衡陽有母雞變成雄雞，八十日后雞冠卻萎縮了。后來桓玄建立楚國，衡陽郡亦在十郡以內，而自桓玄即位至敗走建康，也大約是八十日。當時亦有童謠：“長干巷，巷長干，今年殺郎君，后年斬諸桓。”郎君即司馬元顯，桓氏則于東晉元興三年（公元404年）因桓玄敗死而遭誅殺。
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